代替資産は原則、収用などの日から2年以内に取得しなければなりませんが、代替資産の取得が難しい場合（2年以内に収用事業が完了しない）には、税務署長に代替資産の取得期限延長承認申請書を出すことによって、期限の延長を申請することが可能となります。また、事業認定があった場合や事業施行者から買取り等の申し出があった場合は、前もって代替資産を購入しようとすることも考えられますが、収用等のあった日の属する1月1日前1年以内に取得し、且つ事業認定か買取り等の申し出があった日以前に得たものは、代替資産と認めることができるようになっています。
代替資産を申告期限までに得ることが出来ない場合や、申告期限を延長した場合には、譲り渡しがあった年の確定申告のときに、代替資産の額を見積額で申告することになりますが、その後代替資産の取得をして実際の取得価額と見積額に差額が発生してしまった場合には、修正申告または更生の請求をその取得をした日から4か月以内に行うことが定めれらています。ちなみに代替資産を取得した日から4か月以内に修正申告書を出したときには、期限内申告書となり過少申告加算税や延滞税は課されないことになっています。代替資産の実際の取得価額がその取得価額の見積額より多いときには、更生の請求書を出して所得税の減額をうけることができます（実際の取得価額100で見積額80の申告のときには差額20に応じた所得税の減額）。反対に、代替資産の実際の取得価額がその取得価額の見積額より少ないときには、修正申告書を出して所得税の差額を納付しなければいけません。（実際の取得価額80で見積額100の申告のときには差額20に応じた所得税の納税）。